Difference between revisions of "CB population genetic map"
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근데 이걸 보고 있으니, 몇 개의 라인에서 계속적으로 genotype이 안 읽힌다. <b>아마 '그' 38개일 듯</b> | 근데 이걸 보고 있으니, 몇 개의 라인에서 계속적으로 genotype이 안 읽힌다. <b>아마 '그' 38개일 듯</b> | ||
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+ | 첫 번째 GBS는 '/NGS/NGS/GlycineMax/DNA/UV'에 초록색으로 표시된 <b>'#_barcode.lane#_UV##.fq_trimmed'</b> 형태의 파일이고, | ||
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+ | 두 번째 GBS ('the_38_lines')는 같은 디렉토리에 있는 하얀색 <b>'#_UV##A.fq_trimmed'</b> 형태의 파일이다. | ||
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+ | '그' 38개의 라인은 첫 번째와 두 번째 파일이 합쳐진 <b>'UV##.cat.fq.trimmed'</b> 형태이다. |
Revision as of 04:04, 22 June 2020
WD: 244:/hayasen/chojam/new_GBS
하위 디렉토리:
1) GBS --> /alima9002/YMY/UV/GBS
태영이형이 윤박사님 데이터 분석한 폴더
176 line들 중 138라인만 .bam.sorted.bam 형태로 되어 있고,
나머지 38라인과 모,부본은 .cat.fq.trimmed 형태로 되어 있다.
2) UV --> /NGS/NGS/GlycineMax/DNA/UV
윤박사님이 DNA추출 후 얻은 GBS raw data
분석은 barcode removal까지 된 .fq_trimmed 형식으로 된 파일들을 사용한다.
3) assembly --> /alima9002/ref/Gmax/assembly
Gmax275 genome sequence
1st Trial
분석 과정:
1) the_38_lines.list는 모종의 이유로 정상적인 분석에서 제외된 38라인과 모,부본을 담고 있다
이번 분석에서는 일단 이 라인들을 제외하지 않고, 다시 reference에 mapping을 하여 bamfile을 생성했다.
예시:
bwa mem (-t 4) Gmax_275_v2.0.fa 6_barcode.lane7_UV77.fq_trimmed > UV77.bam samtools sort -o UV77.bam.sorted.bam UV77.bam
2) 그렇게 총 176 + 모부본의 bam.sorted.bam 파일이 생성되고, mpileup을 진행한다.
(원래는 samtools mpileup을 썼던 것 같은데 이제는 bcftools mpileup을 사용하나보다)
command:
bcftools mpileup -b bam_list -Ou -f Gmax_275_v2.0.fa | bcftools call -Ov -mv -o UV.chojam.variant.vcfsamtools mpileup -f Gmax_275_v2.0.fa -v -t DP,AD,ADF,ADR,SP,INFO/AD,INFO/ADF,INFO/ADR -u -b bam_list | bcftools call -Ov -mv -o UV.chojam.variant.vcf
samtools mpileup의 -t 옵션은 bcftools mpileup의 -a (annotate) 옵션으로 치환가능하다.
*options: -Ou: 중간단계에서 textual 형태로 쓰지 않고, uncompressed binary 형태로 가지고 있어라 -Ov: vcf 형태의 파일을 만들어라 -v: variant만 calling해라 -m: -c 옵션이 예전 mpileup 옵션이었다면, -m은 아마도 업그레이드 된 형태일 듯
3) 생성된 vcf 파일 filtering - 일단은 depth, quality에 대해서만 진행
command:
vcftools --vcf UV.chojam.variant.vcf --out UV.chojam.d3.q30 --remove-indels --minDP 3 --minQ 30 --recode
4) 모부본에 대해서 homo이고 polymorphic한 SNP만 걸러낸다.
command:
python parent_homo.py UV.chojam.d3.q30.recode.vcf UV.chojam.d3.q30.recode.homo.vcf
5) missing option: max-missing 0.1 0.3 0.5 0.7
command:
vcftools --vcf UV.chojam.d3.q30.recode.homo.vcf --out UV.chojam.d3.q30.m0.1 --recode --max-missing 0.1
--max-missing 0.1 -> 10178 --max-missing 0.3 -> 9277 --max-missing 0.5 -> 7599 --max-missing 0.7 -> 4899
6) transform into .loc file
command:
python vcf_to_loc.py [vcffile] [population_name] [population_type] [out_locfile] python vcf_to_loc.py UV.chojam.d3.q30.m0.5.recode.vcf new_CB RI6 UV.chojam.d3.q30.m0.5.recode.vcf.loc
근데 이걸 보고 있으니, 몇 개의 라인에서 계속적으로 genotype이 안 읽힌다. 아마 '그' 38개일 듯
2nd Trial
분석 과정:
1) '그' 38개 파일의 출처 확인
리드 수가 안 나와서 두 번에 걸쳐 GBS 한 것으로 판단됨
첫 번째 GBS는 '/NGS/NGS/GlycineMax/DNA/UV'에 초록색으로 표시된 '#_barcode.lane#_UV##.fq_trimmed' 형태의 파일이고,
두 번째 GBS ('the_38_lines')는 같은 디렉토리에 있는 하얀색 '#_UV##A.fq_trimmed' 형태의 파일이다.
'그' 38개의 라인은 첫 번째와 두 번째 파일이 합쳐진 'UV##.cat.fq.trimmed' 형태이다.