Difference between revisions of "2108 Hakyung TUXEDO"
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tophat2는 fasta file을 그대로 사용하기 보다는 '''index를 만들어 파일 사용을 용이하게 한다.''' 이를 위해 첫 턱시도 파이프라인인 tophat을 사용하기 앞서 bowtie2-build index를 사용한다. command 는 다음과 같으며, output directory name은 웬만하면 referece.fa 와 같은 이름으로 해주는 것이 나중에 헷갈리지 않고 좋다. | tophat2는 fasta file을 그대로 사용하기 보다는 '''index를 만들어 파일 사용을 용이하게 한다.''' 이를 위해 첫 턱시도 파이프라인인 tophat을 사용하기 앞서 bowtie2-build index를 사용한다. command 는 다음과 같으며, output directory name은 웬만하면 referece.fa 와 같은 이름으로 해주는 것이 나중에 헷갈리지 않고 좋다. | ||
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[http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml bowtie2]에 대한 자세한 설명은 링크 참조. | [http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml bowtie2]에 대한 자세한 설명은 링크 참조. | ||
Revision as of 08:26, 10 July 2018
Index Building
tophat2는 fasta file을 그대로 사용하기 보다는 index를 만들어 파일 사용을 용이하게 한다. 이를 위해 첫 턱시도 파이프라인인 tophat을 사용하기 앞서 bowtie2-build index를 사용한다. command 는 다음과 같으며, output directory name은 웬만하면 referece.fa 와 같은 이름으로 해주는 것이 나중에 헷갈리지 않고 좋다.
bowtie2에 대한 자세한 설명은 링크 참조.
bowtie2-build <reference.fa> <output dir name>
Tophat
tophat은 read들을 mapping 하는 과정이다. tophat2 -p 2 -o <*> -G <anotation.gff3> <ref_index> <*_1.fastq.gz> <*_2.fastq.gz> cufflinks -o <*_cufflinks> -G <annotation.gff3> <*/accepted_hits.bam>
