Difference between revisions of "Bin mapping"
From Crop Genomics Lab.
KangHeum Cho (Talk | contribs) (Created page with "=== Basic principle === 기본이 되는 논문: High-throughput genotyping by whole-genome resequencing, Huang et al., Genome res., 2009 * ''SNPs between the two genome se...") |
KangHeum Cho (Talk | contribs) |
||
| Line 14: | Line 14: | ||
WD: '''244:/hayasen/chojam/bin_mapping''' | WD: '''244:/hayasen/chojam/bin_mapping''' | ||
| + | |||
하위 파일: | 하위 파일: | ||
| Line 20: | Line 21: | ||
2) UV.new.chojam.variant.vcf -> ../new_GBS/UV.new.chojam.variant.vcf '''CB population GBS data''' | 2) UV.new.chojam.variant.vcf -> ../new_GBS/UV.new.chojam.variant.vcf '''CB population GBS data''' | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ---- | ||
| + | |||
| + | |||
| + | 분석 방법: | ||
| + | |||
| + | 1-1) 너무 낮은 퀄리티의 variant는 걸러낸다. 기본적으로 q30은 깔고 들어간다. Depth는 신경쓰지 않는다. | ||
| + | |||
| + | 1-2) SNP만 걸러낸다. InDel은 bin mapping strategy에서 쓰이지 않는다. | ||
| + | |||
| + | vcftools --vcf (variant.vcf/UV.new.chojam.variant.vcf) --out (variant.q30.SNP/UV.new.chojam.q30.SNP) --minQ 30 --remove-indels --recode | ||
Revision as of 02:09, 6 July 2020
Basic principle
기본이 되는 논문: High-throughput genotyping by whole-genome resequencing, Huang et al., Genome res., 2009
- SNPs between the two genome sequences were identified as potential markers for genotyping.
- 처음 마커의 모집단은 모부본 사이의 SNP
- 왜냐하면 모부본은 높은 시퀀싱 퀄리티를 가지고 있기 때문
Procedures
WD: 244:/hayasen/chojam/bin_mapping
하위 파일:
1) variant.vcf -> /hayasen/Workspace/YoonMY/variant.vcf 청자3호, 부석의 resequencing 파일로 variant calling한 것
2) UV.new.chojam.variant.vcf -> ../new_GBS/UV.new.chojam.variant.vcf CB population GBS data
분석 방법:
1-1) 너무 낮은 퀄리티의 variant는 걸러낸다. 기본적으로 q30은 깔고 들어간다. Depth는 신경쓰지 않는다.
1-2) SNP만 걸러낸다. InDel은 bin mapping strategy에서 쓰이지 않는다.
vcftools --vcf (variant.vcf/UV.new.chojam.variant.vcf) --out (variant.q30.SNP/UV.new.chojam.q30.SNP) --minQ 30 --remove-indels --recode
