Difference between revisions of "Bin mapping"

Revision as of 02:17, 6 July 2020

Basic principle

기본이 되는 논문: High-throughput genotyping by whole-genome resequencing, Huang et al., Genome res., 2009

• SNPs between the two genome sequences were identified as potential markers for genotyping.

• • 처음 마커의 모집단은 모부본 사이의 SNP

• • 왜냐하면 모부본은 높은 시퀀싱 퀄리티를 가지고 있기 때문

Procedures

WD: 244:/hayasen/chojam/bin_mapping

하위 파일:

1) variant.vcf -> /hayasen/Workspace/YoonMY/variant.vcf 청자3호, 부석의 resequencing 파일로 variant calling한 것

2) UV.new.chojam.variant.vcf -> ../new_GBS/UV.new.chojam.variant.vcf CB population GBS data

분석 방법:

1-1) 너무 낮은 퀄리티의 variant는 걸러낸다. 기본적으로 q30은 깔고 들어간다. Depth는 신경쓰지 않는다.

1-2) SNP만 걸러낸다. InDel은 bin mapping strategy에서 쓰이지 않는다.

vcftools --vcf (variant.vcf/UV.new.chojam.variant.vcf) --out (variant.q30.SNP/UV.new.chojam.q30.SNP) --minQ 30 --remove-indels --recode

2) 모부본의 variant 중 homozygous, polymorphic 한 것들만 골라낸다.

python parent_homo.py variant.q30.SNP.recode.vcf variant.q30.SNP.homo.vcf

여기까지 걸러진 SNP 개수:

variant.q30.SNP.homo.vcf -> 317,561 SNPs

UV.new.chojam.q30.SNP.recode.vcf -> 153,384 SNPs