Phewas

[GWAS data collection] GRIN에서 soy50k로 찍은 GWAS data 수집 phenotype 있는 accession들만 vcf 정리, mitochondria, scaffold SNP 빼기 : CMV_phenotype.vcf.mtX2.scaX Plink 이용하여 IBD 계산후 0.98로 cut, missing이랑 hetero 골라내기, '/'를 '|'로 : CMV_final.vcf

/data/program/plink --vcf ./CMV_phenotype.vcf.mtX2.scaX --genome
remove_IBD_less_0,98.py

[SNP imputation] 정순천 박사님 논문에 나온 781 accession 중 G.max만 418개 골라서 vcf 만듦, '/'를 '|'로 : 418_gmax_accession.vcf

https://figshare.com/projects/Soybean_haplotype_map_project/76110

beagle 5.1 이용하여 imputation

java -Xmx4g -jar /data/programs/beagle.18May20.d20.jar gt=./CMV_final.vcf ref=../data_collection/418_gmax_accession.vcf out=./beagle_test_418_CMV

[GEMMA] GEMMA 이용하여 MLM으로 phe:gen association보기 phenotype data : CMV_phenotype_O.txt