Difference between revisions of "2018 Hakyung August Lab note"
From Crop Genomics Lab.
(→svg 만드는 코드) |
(→svg 만드는 코드) |
||
| Line 13: | Line 13: | ||
i += 2 | i += 2 | ||
| − | x = 105 '''#이건 그때그때 알아서''' | + | x = 105 '''#이건 그때그때 알아서''' |
| − | k = 1 | + | k = 1 |
| − | while k <21 : | + | while k <21 : |
text = ' <text x = \"{0}\" y = \"80\" fill=\"black\" font-size=\"28\">Chr'.format(x) '''chromosome 이름 넣어주기''' | text = ' <text x = \"{0}\" y = \"80\" fill=\"black\" font-size=\"28\">Chr'.format(x) '''chromosome 이름 넣어주기''' | ||
text2 = k | text2 = k | ||
| Line 24: | Line 24: | ||
k = k +1 | k = k +1 | ||
x +=190 '''#figure 간격대로''' | x +=190 '''#figure 간격대로''' | ||
| − | file = open("/data2/haggui/SNPpos.txt",'r').readlines() | + | file = open("/data2/haggui/SNPpos.txt",'r').readlines() |
| − | i = 1 | + | i = 1 |
| − | x1 = 80 | + | x1 = 80 |
| − | x2 = 145 | + | x2 = 145 |
| − | while i < 21 : | + | while i < 21 : |
for SNP in file : | for SNP in file : | ||
if int(SNP.split()[0].split('Chr')[1])== i : | if int(SNP.split()[0].split('Chr')[1])== i : | ||
y = 100 + int(SNP.split()[1])/25000 | y = 100 + int(SNP.split()[1])/25000 | ||
Revision as of 02:14, 30 August 2018
svg 만드는 코드
- format을 써봤음 ㅎㅎ
print ("<svg width = ""4000"" height = ""50000"">") #도화지? 사이즈
x = 100
f = open ("chromosomesize.txt", "r").readlines() # chr01 /n size 로 정렬되어 있음
i = 2
while i < 41 : # chromosome size 에 대하여
height = float(f[i].strip())/25000 # 25000 비율로 줄이기
rec = ' <rect x = \"{0}\" y =\"100\" rx= \"50\" ry = \"20\" width = \"25\" height= \"{1}\"
style="fill:white;stroke:black;stroke-width:5"/>'.format(x, height) # 0 자리에 x 변수, 1 자리에 height 변수에 해당하는 값 넣기. (100,100)에서 시작하여 넓이 25에, chr size에 맞는 height 가짐
print (rec)
x += 190 #figure? 사이의 거리 = 190-25
i += 2
x = 105 #이건 그때그때 알아서
k = 1
while k <21 :
text = ' <text x = \"{0}\" y = \"80\" fill=\"black\" font-size=\"28\">Chr'.format(x) chromosome 이름 넣어주기
text2 = k
text3 = '</text>'
print text,
print text2,
print text3
k = k +1
x +=190 #figure 간격대로
file = open("/data2/haggui/SNPpos.txt",'r').readlines()
i = 1
x1 = 80
x2 = 145
while i < 21 :
for SNP in file :
if int(SNP.split()[0].split('Chr')[1])== i :
y = 100 + int(SNP.split()[1])/25000
