Difference between revisions of "2018 Hakyung August Lab note"
From Crop Genomics Lab.
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x += 190 '''#figure? 사이의 거리 = 190-25 ''' | x += 190 '''#figure? 사이의 거리 = 190-25 ''' | ||
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x = 105 '''#이건 그때그때 알아서''' | x = 105 '''#이건 그때그때 알아서''' | ||
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Revision as of 02:15, 30 August 2018
svg 만드는 코드
- format을 써봤음 ㅎㅎ
print ("<svg width = ""4000"" height = ""50000"">") #도화지? 사이즈
x = 100
f = open ("chromosomesize.txt", "r").readlines() # chr01 /n size 로 정렬되어 있음
i = 2
while i < 41 : # chromosome size 에 대하여
height = float(f[i].strip())/25000 # 25000 비율로 줄이기
rec = ' <rect x = \"{0}\" y =\"100\" rx= \"50\" ry = \"20\" width = \"25\" height= \"{1}\"
style="fill:white;stroke:black;stroke-width:5"/>'.format(x, height) # 0 자리에 x 변수, 1 자리에 height 변수에 해당하는 값 넣기. (100,100)에서 시작하여 넓이 25에, chr size에 맞는 height 가짐
print (rec)
x += 190 #figure? 사이의 거리 = 190-25
i += 2
x = 105 #이건 그때그때 알아서
k = 1
while k <21 :
text = ' <text x = \"{0}\" y = \"80\" fill=\"black\" font-size=\"28\">Chr'.format(x) chromosome 이름 넣어주기
text2 = k
text3 = '</text>'
print text,
print text2,
print text3
k = k +1
x +=190 #figure 간격대로
file = open("/data2/haggui/SNPpos.txt",'r').readlines()
i = 1
x1 = 80
x2 = 145
while i < 21 :
for SNP in file :
if int(SNP.split()[0].split('Chr')[1])== i :
y = 100 + int(SNP.split()[1])/25000
