Difference between revisions of "2018 Hakyung July Lab note"
From Crop Genomics Lab.
(→HT-seq, edgeR 처리 후 한 파일에 리스트 형태로 저장) |
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for Cline in Clines : | for Cline in Clines : | ||
Cgene_name = Cline.split('"')[1] | Cgene_name = Cline.split('"')[1] | ||
| − | ClogFC = float(Cline.split(' ')[1]) #logFC value | + | ClogFC = float(Cline.split(' ')[1]) '''#logFC value''' |
if Cgene_name == gene_name : | if Cgene_name == gene_name : | ||
if ClogFC < -1 : | if ClogFC < -1 : | ||
| − | dic[1] = dic[1]+1 # SS2-2 > TG 이면 1 | + | dic[1] = dic[1]+1 '''# SS2-2 > TG 이면 1''' |
elif ClogFC > 1 : | elif ClogFC > 1 : | ||
| − | dic[1] = dic[1]+2 # TG < SS2-2 이면 2, dic = [genename,2,0,0,0] | + | dic[1] = dic[1]+2 '''# TG < SS2-2 이면 2, dic = [genename,2,0,0,0]''' |
else : pass | else : pass | ||
else : pass | else : pass | ||
Cfile.close() | Cfile.close() | ||
| − | Sfile = open("/data2/haggui/RNA/edgeR/DEG_edgeR/DEG_SS2-2.txt","r") #SS2-2가 drought 때 어떻게 변하는지 | + | Sfile = open("/data2/haggui/RNA/edgeR/DEG_edgeR/DEG_SS2-2.txt","r") '''#SS2-2가 drought 때 어떻게 변하는지''' |
Slines = Sfile.readlines() | Slines = Sfile.readlines() | ||
for Sline in Slines : | for Sline in Slines : | ||
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if Sgene_name == gene_name : | if Sgene_name == gene_name : | ||
if SlogFC > 1 : | if SlogFC > 1 : | ||
| − | dic[2] = dic[2]+1 # up-regulation이면 1 | + | dic[2] = dic[2]+1 '''#up-regulation이면 1''' |
elif SlogFC < -1 : | elif SlogFC < -1 : | ||
| − | dic[2] = dic[2]+2 # down-regulation이면 2 | + | dic[2] = dic[2]+2 '''#down-regulation이면 2, dic = [genename,2,2,0,0]''' |
else : pass | else : pass | ||
else : pass | else : pass | ||
Sfile.close() | Sfile.close() | ||
| − | Tfile = open("/data2/haggui/RNA/edgeR/DEG_edgeR/DEG_TG.txt","r") | + | Tfile = open("/data2/haggui/RNA/edgeR/DEG_edgeR/DEG_TG.txt","r") '''#태광의 변화''' |
Tlines = Tfile.readlines() | Tlines = Tfile.readlines() | ||
for Tline in Tlines : | for Tline in Tlines : | ||
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TlogFC = float(Tline.split(' ')[1]) | TlogFC = float(Tline.split(' ')[1]) | ||
if Tgene_name == gene_name : | if Tgene_name == gene_name : | ||
| − | if TlogFC > 1 : | + | if TlogFC > 1 : '''#up-regulation이면 1''' |
dic[3] = dic[3]+1 | dic[3] = dic[3]+1 | ||
| − | elif TlogFC < -1 : | + | elif TlogFC < -1 : '''#down-regulation이면 2, dic = [genename,2,2,2,0]''' |
dic[3] = dic[3]+2 | dic[3] = dic[3]+2 | ||
else : pass | else : pass | ||
else : pass | else : pass | ||
Tfile.close() | Tfile.close() | ||
| − | Dfile = open("/data2/haggui/RNA/edgeR/DEG_edgeR/DEG_drought.txt","r") | + | Dfile = open("/data2/haggui/RNA/edgeR/DEG_edgeR/DEG_drought.txt","r") '''#drought상태에서의 expression level''' |
Dlines = Dfile.readlines() | Dlines = Dfile.readlines() | ||
for Dline in Dlines : | for Dline in Dlines : | ||
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DlogFC = float(Dline.split(' ')[1]) | DlogFC = float(Dline.split(' ')[1]) | ||
if Dgene_name == gene_name : | if Dgene_name == gene_name : | ||
| − | if DlogFC < -1 : | + | if DlogFC < -1 : '''#SS2-2 > TG 이면 1 ''' |
dic[4] = dic[4]+1 | dic[4] = dic[4]+1 | ||
| − | elif DlogFC > 1: | + | elif DlogFC > 1: '''#TG > SS2-2 이면 2, dic = [genename,2,2,2,2]''' |
dic[4] = dic[4]+2 | dic[4] = dic[4]+2 | ||
else : pass | else : pass | ||
else : pass | else : pass | ||
Dfile.close() | Dfile.close() | ||
| − | list.append(dic) | + | list.append(dic) '''#list =[[genename,0,0,1,0],[genename2,0,1,1,0] ...]''' |
| − | f = open('exp_list.txt','w') | + | f = open('exp_list.txt','w') |
| − | import pickle | + | import pickle '''# 어떤 형태로든 저장해줌, 원래는 새 파일에 쓰면 무조건 string 형태, (리스트 모양의 스트링), 하지만 피클을 사용하면 리스트를 리스트로 저장할 수 있다.''' |
| − | pickle.dump(list,f) | + | pickle.dump(list,f) '''#리스트를 f변수로 저장된 파일에 써라''' |
f.close() | f.close() | ||
Revision as of 01:48, 24 July 2018
HT-seq, edgeR 처리 후 한 파일에 리스트 형태로 저장
file = open ("/data2/haggui/RNA/edgeR/raw_edgeR/control.counts.edgeR","r")
lines = file.readlines()
list = []
for line in lines :
gene_name = line.split('"')[1] #"gene name" 으로 되어 있는 것 가져오기
dic = [0,0,0,0,0]
dic[0] = (gene_name) #dic = [genename,0,0,0,0]
Cfile = open("/data2/haggui/RNA/edgeR/DEG_edgeR/DEG_control.txt","r") #control 상태에서의 DEG 정보
Clines = Cfile.readlines()
for Cline in Clines :
Cgene_name = Cline.split('"')[1]
ClogFC = float(Cline.split(' ')[1]) #logFC value
if Cgene_name == gene_name :
if ClogFC < -1 :
dic[1] = dic[1]+1 # SS2-2 > TG 이면 1
elif ClogFC > 1 :
dic[1] = dic[1]+2 # TG < SS2-2 이면 2, dic = [genename,2,0,0,0]
else : pass
else : pass
Cfile.close()
Sfile = open("/data2/haggui/RNA/edgeR/DEG_edgeR/DEG_SS2-2.txt","r") #SS2-2가 drought 때 어떻게 변하는지
Slines = Sfile.readlines()
for Sline in Slines :
Sgene_name = Sline.split('"')[1]
SlogFC = float(Sline.split(' ')[1])
if Sgene_name == gene_name :
if SlogFC > 1 :
dic[2] = dic[2]+1 #up-regulation이면 1
elif SlogFC < -1 :
dic[2] = dic[2]+2 #down-regulation이면 2, dic = [genename,2,2,0,0]
else : pass
else : pass
Sfile.close()
Tfile = open("/data2/haggui/RNA/edgeR/DEG_edgeR/DEG_TG.txt","r") #태광의 변화
Tlines = Tfile.readlines()
for Tline in Tlines :
Tgene_name = Tline.split('"')[1]
TlogFC = float(Tline.split(' ')[1])
if Tgene_name == gene_name :
if TlogFC > 1 : #up-regulation이면 1
dic[3] = dic[3]+1
elif TlogFC < -1 : #down-regulation이면 2, dic = [genename,2,2,2,0]
dic[3] = dic[3]+2
else : pass
else : pass
Tfile.close()
Dfile = open("/data2/haggui/RNA/edgeR/DEG_edgeR/DEG_drought.txt","r") #drought상태에서의 expression level
Dlines = Dfile.readlines()
for Dline in Dlines :
Dgene_name = Dline.split('"')[1]
DlogFC = float(Dline.split(' ')[1])
if Dgene_name == gene_name :
if DlogFC < -1 : #SS2-2 > TG 이면 1
dic[4] = dic[4]+1
elif DlogFC > 1: #TG > SS2-2 이면 2, dic = [genename,2,2,2,2]
dic[4] = dic[4]+2
else : pass
else : pass
Dfile.close()
list.append(dic) #list =[[genename,0,0,1,0],[genename2,0,1,1,0] ...]
f = open('exp_list.txt','w') import pickle # 어떤 형태로든 저장해줌, 원래는 새 파일에 쓰면 무조건 string 형태, (리스트 모양의 스트링), 하지만 피클을 사용하면 리스트를 리스트로 저장할 수 있다. pickle.dump(list,f) #리스트를 f변수로 저장된 파일에 써라 f.close()
