2108 Hakyung TUXEDO

Index Building

tophat2는 fasta file을 그대로 사용하기 보다는 **index를 만들어 파일 사용을 용이하게 한다.** 이를 위해 첫 턱시도 파이프라인인 tophat을 사용하기 앞서 bowtie2-build index를 사용한다. command 는 다음과 같으며, output directory name은 웬만하면 referece.fa 와 같은 이름으로 해주는 것이 나중에 헷갈리지 않고 좋다. [[1]]에 대한 자세한 설명은 링크 참조.

bowtie2-build <reference.fa> <output dir name>

Tophat

tophat은 read들을 mapping 하는 과정이다. tophat2 -p 2 -o <*> -G <anotation.gff3> <ref_index> <*_1.fastq.gz> <*_2.fastq.gz> cufflinks -o <*_cufflinks> -G <annotation.gff3> <*/accepted_hits.bam>