SK met

raw_data : /NGS/NGS/VignaRadiata/DNA/SK/

TBI[7]=TN1509D0657--TCCGGAGA-AGGCTATA sample[7]=SK010

TBI[57]=TN1509D0710--TAATGCGC-TAAGATTA sample[57]=SK068

TBI[177]=TN1510D0932--TCTCGCGC-TCAGAGCC sample[177]=SK186

TBI[43]=TN1509D0695--GAATTCGT-ACGTCCTG sample[43]=SK049

TBI[83]=TN1509D0736--TCTCGCGC-GTCAGTAC sample[83]=SK094

TBI[143]=TN1510D0898--CTGAAGCT-GCCTCTAT sample[143]=SK152

TBI[167]=TN1510D0922--TCCGCGAA-GCCTCTAT sample[167]=SK176

TBI[147]=TN1510D0902--CTGAAGCT-TAAGATTA sample[147]=SK156

244 > 63 /data/haggui/raw_data/ 에 sample#.fq.gz 로 저장함

ref : 244 /mount_test/sdd1/Mungbean_assemble/ver6/SNP/Vradi_ver6.fa > 63 data/haggui/Vradi_ver6.fa

1. bwa index <ref.fa> 2. cat SK_met.list | parallel --gnu -j 3 "bwa mem Vradi_ver6.fa ./raw_data/{}_1.fq.gz ./raw_data/{}_2.fq.gz | samtools view -bS -q 30 -> {}.bam"