Difference between revisions of "TIGAR"
From Crop Genomics Lab.
(Created page with "TIGAR는 PrediXcan 의 develop 버전? genotype 으로 expression을 impute 하는 단계 + gene based로 expression과 phenotype의 association을 계산하는 단계로 이...") |
|||
| Line 1: | Line 1: | ||
| − | TIGAR는 PrediXcan 의 | + | TIGAR는 PrediXcan 의 발전된 형태? TWAS를 한다. |
genotype 으로 expression을 impute 하는 단계 + gene based로 expression과 phenotype의 association을 계산하는 단계로 이루어짐. | genotype 으로 expression을 impute 하는 단계 + gene based로 expression과 phenotype의 association을 계산하는 단계로 이루어짐. | ||
TIGAR는 python3를 사용하기 때문에, .sh script에 있는 python을 python3로 모두 바꾸어주어야 한다. | TIGAR는 python3를 사용하기 때문에, .sh script에 있는 python을 python3로 모두 바꾸어주어야 한다. | ||
추가로 TIGAR 에서 요구하는 모듈을 python3에 추가해줄 것(pip3 install ~) | 추가로 TIGAR 에서 요구하는 모듈을 python3에 추가해줄 것(pip3 install ~) | ||
| + | pandas, dfply, skelarn, statsmodels | ||
| + | |||
| + | 1. expression~genotype 에 대한 modeling | ||
| + | 1)elastic_net | ||
| + | 63의 /data6/haggui/twas/TIGAR에서 | ||
| + | ./TIGAR_Model_Train.sh --model '''elastic_net''' --Gene_Exp {.txt} --sampleID {.txt} --genofile_type vcf --genofile {.vcf.gz} --Format GT --alpha 0.8 --cv 10 --out ./practice_ | ||
| + | Gene_Exp 첫줄은 header, 그 아래 행은 해당 gene의 expression에 대한 정보임. 첫번째 column : chr 숫자, 두,세번째 column : gene_start,end position, 그다음 target ID, gene_name(optional), 9번째부터 각 column은 sample 혹은 accesion임. (해당 accession의 해당 gene에 대한 발현량) | ||
| + | |||
| + | 2) DPR | ||
Revision as of 08:20, 8 February 2021
TIGAR는 PrediXcan 의 발전된 형태? TWAS를 한다. genotype 으로 expression을 impute 하는 단계 + gene based로 expression과 phenotype의 association을 계산하는 단계로 이루어짐.
TIGAR는 python3를 사용하기 때문에, .sh script에 있는 python을 python3로 모두 바꾸어주어야 한다. 추가로 TIGAR 에서 요구하는 모듈을 python3에 추가해줄 것(pip3 install ~) pandas, dfply, skelarn, statsmodels
1. expression~genotype 에 대한 modeling 1)elastic_net 63의 /data6/haggui/twas/TIGAR에서
./TIGAR_Model_Train.sh --model elastic_net --Gene_Exp {.txt} --sampleID {.txt} --genofile_type vcf --genofile {.vcf.gz} --Format GT --alpha 0.8 --cv 10 --out ./practice_
Gene_Exp 첫줄은 header, 그 아래 행은 해당 gene의 expression에 대한 정보임. 첫번째 column : chr 숫자, 두,세번째 column : gene_start,end position, 그다음 target ID, gene_name(optional), 9번째부터 각 column은 sample 혹은 accesion임. (해당 accession의 해당 gene에 대한 발현량)
2) DPR
