Difference between revisions of "TS GBS"
From Crop Genomics Lab.
(→바코드에 따라 read 분류하기) |
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| − | + | =Where data came from= | |
193 : /NGS/NGS/GlycineMax/DNA/SCJeong/Taekwang_1.fastq | 193 : /NGS/NGS/GlycineMax/DNA/SCJeong/Taekwang_1.fastq | ||
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244 : /NGS/NGS/GBS/SB_TS_TD/ CG1_1_1.fastq.gz CG2_1_1.fastq.gz | 244 : /NGS/NGS/GBS/SB_TS_TD/ CG1_1_1.fastq.gz CG2_1_1.fastq.gz | ||
| − | + | = processing = | |
| − | + | ==바코드 분류하기== | |
10mer 9mer 8mer ... | 10mer 9mer 8mer ... | ||
바코드 파일 형식은 cell 위치 + 탭 + 바코드 + 엔터 형식. | 바코드 파일 형식은 cell 위치 + 탭 + 바코드 + 엔터 형식. | ||
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그러면 10_barcode.txt 4_barcode.txt 5_barcode.txt 6_barcode.txt 7_barcode.txt 8_barcode.txt 9_barcode.txt 등이 자동으로 형성된바 | 그러면 10_barcode.txt 4_barcode.txt 5_barcode.txt 6_barcode.txt 7_barcode.txt 8_barcode.txt 9_barcode.txt 등이 자동으로 형성된바 | ||
| − | + | ==바코드에 따라 read 분류하기== | |
| − | 10mer 9mer 8mer | + | 10mer 9mer 8mer .. |
긴 바코드는 짧은 바코드를 포함(?) 하여 겹칠 수 있으므로 반드시 큰 바코드를 분류하고 남은 read를 다음 큰 바코드로 분류한다. : 10mer 9mer 8mer ... | 긴 바코드는 짧은 바코드를 포함(?) 하여 겹칠 수 있으므로 반드시 큰 바코드를 분류하고 남은 read를 다음 큰 바코드로 분류한다. : 10mer 9mer 8mer ... | ||
:: '''cat list2 | parallel --gnu -j 1 --max-args=2 cat {1}_unmatched.fq "|" perl ../fastx_barcode_splitter.pl --bcfile ../barcode/{2}_barcode.txt --suffix ".fq" -prefix "./{2}_" --bol --exact''' | :: '''cat list2 | parallel --gnu -j 1 --max-args=2 cat {1}_unmatched.fq "|" perl ../fastx_barcode_splitter.pl --bcfile ../barcode/{2}_barcode.txt --suffix ".fq" -prefix "./{2}_" --bol --exact''' | ||
output file 로 10_B02.fq 10_C05.fq 10_E11.fq 10_F09.fq 10_G03.fq 10_G10.fq 10_H07.fq 10_unmatched.fq 이런 파일이 생김 | output file 로 10_B02.fq 10_C05.fq 10_E11.fq 10_F09.fq 10_G03.fq 10_G10.fq 10_H07.fq 10_unmatched.fq 이런 파일이 생김 | ||
Revision as of 02:24, 11 July 2019
Contents |
Where data came from
193 : /NGS/NGS/GlycineMax/DNA/SCJeong/Taekwang_1.fastq
193 : /NGS/NGS/GlycineMax/DNA/SS2-2_1.fastq.gz
244 : /NGS/NGS/GBS/SB_TS_TD/ CG1_1_1.fastq.gz CG2_1_1.fastq.gz
processing
바코드 분류하기
10mer 9mer 8mer ... 바코드 파일 형식은 cell 위치 + 탭 + 바코드 + 엔터 형식.
A1 CTTTTA A2 CCTTGGCTCTC
- split.GBS.barcode.py 바코드 파일
그러면 10_barcode.txt 4_barcode.txt 5_barcode.txt 6_barcode.txt 7_barcode.txt 8_barcode.txt 9_barcode.txt 등이 자동으로 형성된바
바코드에 따라 read 분류하기
10mer 9mer 8mer .. 긴 바코드는 짧은 바코드를 포함(?) 하여 겹칠 수 있으므로 반드시 큰 바코드를 분류하고 남은 read를 다음 큰 바코드로 분류한다. : 10mer 9mer 8mer ...
- cat list2 | parallel --gnu -j 1 --max-args=2 cat {1}_unmatched.fq "|" perl ../fastx_barcode_splitter.pl --bcfile ../barcode/{2}_barcode.txt --suffix ".fq" -prefix "./{2}_" --bol --exact
output file 로 10_B02.fq 10_C05.fq 10_E11.fq 10_F09.fq 10_G03.fq 10_G10.fq 10_H07.fq 10_unmatched.fq 이런 파일이 생김
